Aufgrund einer Nahrungsmittelunverträglichkeit kommt es zu analogen Immunantworten zum Beispiel bei einer Allergie. Sie kann sich grundlegenderweise in Juckreiz, Pickeln, Blähungen, Magenbeschwerden, Diarrhoe, Husten oder Migräne äußern. Der hauptsächliche Unterschied innerhalb Allergie und Nahrungsmittelunverträglichkeit (z.b. Glutenallergie) kommt aus in den körpereigenen Vorgängen. Währenddessen bei einer Allergie das betroffene Gewebe verteidigend gegen den Wirksubstanz eines Nahrungsbestandteils arbeitet und vermehrte Antikörper bildet, kommt es bei einer Unverträglichkeit nicht zum Eingreifen der Immunantwort. Der genaue Hergang bei einer Nahrungsmittelunverträglichkeit ist allerdings noch immer nicht genau bekannt. In Situationen von Unverträglichkeit Gluten fehlen dem Organ differenzierte Abwehrenzyme, in Folge dessen die Digestion einsamer Nahrungsbestandteile impraktikabel verarbeitet wird.

Die schlimmsten Fälle von Nahrungsmittelunverträglichkeit sind Galaktoseintoleranz und Glutenunverträglichkeit, da die Erkrankten üblicherweise ihre kompletten Ernährungseigenheiten umstellen müssen.
Der Stoff Laktase ist für die Digestion der Milch bzw. die Spaltung des Milchzuckers richtungsweisend. Fehlt dem Organ dieses Enzym, so kann der Milchzucker nicht aufgespalten werden und produziert im Darm eine fabelhafte Lagerstätte für Parasiten. Diese Keimansiedlung führt dann zu Schmerzen im Unterbauch, Diarrhoe und Blähungen. Um zu herauszufinden, ob es sich hierbei tatsächlich um eine Allergie handelt, bei der die Symptome übereinstimmen, wird ein spezieller Test durchgeführt. Erkrankte mit einer Laktoseintoleranz können auf laktosefreie Milch zurückgreifen oder spezielle Medikamente zu sich nehmen.

Gluten ist ein Wirkstoff, der vor allem in Weizen und Hafer enthalten ist. Deswegen ist das Leiden auch als Weizenallergie geläufig. Gleichermaßen geläufig sind die Fachbezeichnungen Zöliakie und Sprue. Während einer %Unverträglichkeit von Gluten wird die Schleimhaut des Zwölfingerdarms beschädigt. Daraufhin führt dies zur Rückbildung der Darmzotten, die für die Resorption von Nahrungsbestandteilen richtungsweisend sind. Deswegen sind kennzeichnende Zeichen Abgeschlagenheit und Gewichtsverlust.